A telepítés lehetséges módjai:

A letöltött deb fájlok egyszerűen dupla kattintással feltelepíthetők, ugyanúgy, ahogy Windows-ban az exe fájlok.
Emellett rendelkezésünkre állnak az Ubuntu-ban lévő csomagkezelők is. Az egyik csomagkezelő az Alkalmazások menüben található Hozzáadás/eltávolítás – a 9.10-es Ubuntu megjelenése óta már Ubuntu szoftverközpont a neve – a másik pedig a Rendszer -> Adminisztráció menüben található Synaptic csomagkezelő. Mindkét csomagkezelő esetében csak rá kell keresned azokra a programokra, amiket fel szeretnél telepíteni, majd a találati listában csak kattints a Telepítés gombra.

Csomagkezelők
Ubuntu szoftverközpont

Synaptic csomagkezelő

Létezik még egy csomagtelepítési lehetőség, még pedig terminálon keresztül a következő paranccsal: sudo apt-get install csomagnév. Ez csak akkor működik, ha az Ubuntu tárolójában van a szoftver forrása, ha nincs, akkor értelemszerűen fel kell venni. A szoftverforrás felvételéről általában részletes leírást találsz a szoftvergyártó weboldalán (lásd Cinelerra telepítése: http://cinelerra.org/getting_cinelerra.php#ubuntu)

Ubuntu-ban exe fájlokat a Wine nevű alkalmazással lehet telepíteni (a Wine honlapján meg tudod nézni, hogy milyen programok, azok amik biztosan működni fognak vele). A Wine-t az Ubuntu csomagkezelőivel egyszerűen fel lehet telepíteni. Az első exe fájl telepítésekor nem biztos, hogy automatikusan tudni fogja a rendszer, hogy Wine-nal kell futtatnia, úgyhogy ilyenkor valószínű, hogy ki kell választanod a Wine-t (jobb klikk az exe fájl-on)

Forrásból telepíteni kicsit bonyolultabb, gyakorlottabb felhasználóknak javaslom. Részletes leírás itt található:
http://ubuntuguide.org/wiki/Ubuntu:Karmic#Installing_a_package_from_source

A programok eltávolítására is több mód van:

A csomagkezelőkből telepített alkalmazásoknál ugyanúgy, mint a telepítést, az eltávolítást is be lehet jelölni.
Ha egy weboldalról letöltött deb fájlt telepítettél fel és le szeretnéd törölni, akkor azt a Rendszer -> Adminisztráció menüpontban található Lomtalanítóval tudod legkönnyebben eltávolítani.

Terminálból feltelepített csomagot, pedig a sudo apt-get remove csomagnév paranccsal.

A telepítés kapcsán még felmerülhet az a kérdés, hogy vajon hol találod meg a feltelepült fájlok mappáit:
Ezeket egyrészt a saját mappádon (/home/neved) belül találod meg. Ilyenkor beleütközhetsz abba a problémába, hogy nem találod meg a .-tal kezdődő fájlokat. Ennek az az oka, hogy a .-tal kezdődő mappák rejtett mappák, így be kell jelölnöd a Fájlböngésző Nézet menüpontjában a rejtett fájlok láthatóságát.
Másrészt pedig a /usr/share mappában találod még meg a feltelepített programok mappáit.